Si elle est réalisée incorrectement, l'éviscération automatique peut causer une contamination fécale. Cela peut se produire pendant la coupe du cloaque, l'ouverture de la carcasse et pendant l'éviscération en question. L'utilisation de bonnes techniques peut réduire considérablement ce risque, voire même le supprimer.
La lame qui ouvre la carcasse doit couper autour du cloaque et non pas directement à travers celui-ci. Cette méthode évite d'endommager le rectum, de couper les boyaux et de déverser leurs contenus.
Les Éviscéreuses doivent être conçues de telle sorte que tout le paquet de viscères, y compris le jabot, soit retiré sans causer de dégâts en un seul mouvement doux.
Une fois que le paquet de viscères a été automatiquement extrait, il doit être retiré immédiatement de la carcasse. Depuis de nombreuses années, cela implique le transfert automatique du paquet vers un Crochet à Viscères distinct suspendu de son propre système de convoyeur aérien. Les paquets sont transférés avec l'intestin et le cloaque suspendus et à l'écart des abattis comestibles, qui peuvent ensuite être récoltés automatiquement. Les paquets doivent être compacts et ne pas avoir d'intestins qui traînent pour éviter qu'ils ne touchent et contaminent leur voisin.
Dans ces usines, qui fonctionnent souvent à des capacités plus faibles, où les paquets ne sont pas transférés à un Crochet à Viscères distinct, ceux-ci doivent être convenablement présentés sur le dos de la carcasse pour faciliter l'inspection vétérinaire et permettre la collecte manuelle des abattis. Un Crochet d'Éviscération à pied droit, contrairement à un crochet plié, permet d'accrocher les carcasses légèrement en biais avec un contact minimal entre la carcasse et le paquet de viscères potentiellement contaminant.